历史学系创建于1925年，时称史学系。1937年，全面抗战爆发，史学系部分随复旦大夏第一联合大学迁至江西牯岭。1938年，大部随校本部迁至重庆北碚，改称史地学系。1946年，史地学系随校本部迁回上海。

1949年夏，暨南大学、同济大学文学院史地系史学组并入复旦大学史地学系，浙江大学史地系史学组部分学生转入复旦学习，史地学系复改为史学系。1952年全国院系调整后，江浙多所大学著名史学家加盟，名家云集。中国史领域有周予同、谭其骧、陈守实、胡厚宣、杨宽、马长寿、蔡尚思等，古史学家顾颉刚也曾担任本系教授；世界史领域则有周谷城、王造时、耿淡如、章巽、田汝康等；还有当时已脱颖而出的中青年史学家，如程博洪、张荫桐、胡绳武、赵人龙、金冲及等。复旦历史学系的研究特色也由此逐步形成，如陈守实的中国土地制度史研究，周予同的中国经学史研究，周谷城的世界古代史研究，耿淡如的西方史学史研究，蔡尚思的中国思想文化史研究，谭其骧的中国历史地理研究，胡厚宣的甲骨文研究，杨宽的先秦史研究，章巽的中西交通史研究，田汝康的中外关系史研究等，他们开拓性的学术贡献领学术研究之先，也奠定了复旦历史学系在中国史学界的学术地位。

改革开放以来，历史学系获得了新的发展。1981年，中国古代史、历史地理学、世界上古史中古史3个学科点获批国家首批博士点，1986年新增世界近现代史、世界地区史国别史2个博士点。1994年复旦历史学系列入教育部“国家文科基础学科人才培养基地”，1996年建立历史学博士后流动站，1997年成为国内首批5家获得历史学一级学科博士学位授予权的单位之一，2004年“中外现代化进程研究中心”列入教育部人文社会科学重点研究基地。

在学术建制方面，1959年设立中国历史地理研究室，1982年成立独立建制的中国历史地理研究所；1984年创办文物与博物馆学专业，1996年成立独立建制的文物与博物馆学系；1989年开设旅游与旅游文化类课程，1993年获准设立旅游管理专业，2002年正式组建旅游学系，行政由历史学系兼管。

目前，历史学系拥有中国史和世界史2个一级学科。中国史学科下设中国古代史、中国近现代史、中国当代史、史学理论及中国史学史、专门史、历史文献学6个二级学科；世界史学科下设史学理论及外国史学史、世界上古史中古史、世界近现代史、世界地区国别史4个二级学科；并设中国史和世界史两个博士后流动站。2018年，中国史学科入选上海市高峰学科建设计划；2019年，历史学专业入选国家级一流本科专业建设点；2020年入选教育部基础学科拔尖人才培养基地。2022年，在教育部第五轮学科评估中，中国史学科蝉联A+，世界史学科获评A-。