历史学系1925年正式设立，时称史学系。1937年随校本部迁往重庆，1938春改为史地学系。

1949年夏，暨南大学和同济大学文学院并入复旦，复改为史学系。1952年全国院系调整后，江浙多所大学著名史学家加盟，遂成为名家云集的一流史学系。中国史领域有周予同、谭其骧、陈守实、胡厚宣、杨宽、马长寿、蔡尚思等，古史学家顾颉刚也曾担任本系教授；世界史领域则有周谷城、王造时、耿淡如、章巽、田汝康等；还有当时已脱颖而出的中青年史家，如程博洪、张荫桐、胡绳武、赵人龙、金冲及等。

复旦历史学系的研究特色逐步形成，其中如陈守实的中国土地制度史研究，周予同的中国经学史研究，周谷城的世界古代史研究，耿淡如的西方史学史研究，蔡尚思的中国思想文化史研究，谭其骧的中国历史地理研究，胡厚宣的甲骨文研究，杨宽的先秦史研究，章巽的中西交通史研究，田汝康的中外关系史研究等，都有很高的学术建树。他们开拓性的学术贡献奠定了复旦历史学系在中国史学界的学术地位。在学术建制方面，1959年复旦历史学系在国内率先成立中国历史地理研究室，1964年在周恩来总理直接关心下成立拉丁美洲史研究室，1979年成立中国思想文化史研究室，一时引领风气之先。